Flamuri ynë kombëtar me shenjën e tij dalluese shqiponjën dykrenare ka një histori të lashtë dhe të lavdishme.
Si shenjë ushtarake, shqiponja me një kokë njihet në vende të ndryshme qysh nga koha antike, midis tyre dhe në Perandorinë Romake. Në Perandorinë Bizantine, si shenjë e perandorëve, shqiponja u përdor në trajtën dykrenare, siç e interpretojnë, si simbol i sundimit mbi perëndimin dhe lindjen, të ndara pas vitit 395 ose të pushtetit shekullor dhe kishtar, të bashkuar në personin e perandorit bizantin. Gjatë mesjetës, shqiponja, në stilizime të ndryshme, me një ose dy krerë, gjendet e përdorur në vende të ndryshme të Evropës. Perandorët gjermano-romakë e mbanin shqiponjën dykrenare, për t’u dalluar nga mbretërit, që përdornin atë me një kokë. Bie në sy se në Shqipëri, në Serbi dhe Rusinë mesjetare — vende që kishin marrëdhënie politike-kulturore mjaft të ngushta me Bizantin — si edhe në Kishën Ortodokse, që e kishte kryet e saj në Kostandinopojë, shqiponja përdorej në trajtën dy krenare.
Në Shqipëri shqiponja dykrenare përdoret, me sa dimë, qysh nga shekulli XIV si shenjë e princërve feudalë shqiptarë. Kështu dimë se Muzakët mbanin në flamurin e tyre një shkabë dykrenare me një yll në mes, Dukagjinët një shkabë të thjeshtë, por mjerisht këtyre nuk ua dimë ngjyrat. Nga sa u tha më lart mund të mendohet se këta princër mund ta kenë marrë shkabën dykrenare dhe Perandoria Bizantine, prej së cilës kishin marrë edhe tituj fisnikërie, si «arkond», -«sevast», «despot». Princët shqiptarë, kishin edhe lidhje familjare me perandorë bizantinë, prej të cilëve kishin marrë edhe mbiemra.
Nuk duam të lemë pa përmendur, se ekziston edhe një shpjegim tjetër i prejardhjes së shqiponjës së flamurit tonë, sipas këtij shpjegimi që është shumë i përhapur e popullor shqiponja e flamurit tonë ka kuptimin e nië simboli etnik, e një «totem»-i (domethënë të një kafshe të shenjtë, që konsiderohej si i pari i një fisi). Sipas këtij shpjegimi, shqiponja në flamurin lidhet me emrin «shqiptar», bir i shqiponjës. Por, sipas mendimit tim, ky shpjegim nuk qëndron më.
Dihet tashmë se emrat «shqip, shqiptar, Shqipëri» janë përdorur në një kohë relativisht të re,_nga-shekulli XVII e këndej, kurse emri i vjetër i popullit dhe i vendit ishte Arbër, arbëror. Emrat shqiptar, Shqipëri — nuk kanë të bëjnë me shqipe, shqiponjë, por kanë një kuptim tjetër. «Shqip» domethënë «qartë», «kuptueshëm» (krahaso fjalën shqiptoj, e cila në disa koloni të jashtme shqiptare ka pikërisht kuptimin «kuptoj»). Pra, «shqiptarë» janë ata që flisnin kuptueshëm në kundërshtim me pushtuesit_e huaj osmanë. Nuk është e rastit, që zëvendësimi i emrit të vjetër «Arbër», «arbëresh» nga emri i ri «shqiptar» u bë pikërisht në shekujt e pushtimit osmanë.
Historiani shqiptar i shekujve XV-XVI, Marin Barleti nga Shkodra, biografi i Skënderbeut na tregon se kur u kthye Skënderbeu në Krujë më 1443, ai ngriti mbi qytetin e çliruar flamurin me një shqiponjë të zezë dykrenare mbi fushë të kuqe. Ky flamur, — thotë Barleti — ishte ai i Kastriotëve. Ky flamur u mbulua me lavdi gjatë luftërave, prej më se një çerek shekulli që bëri populli ynë nën udhëheqjen e heroit tonë kombëtar Skënderbeut. E kuptueshme, pra, pse ky flamur mbeti simbol i luftës për liri e pavarësi që bëri populli ynë shekuj me radhë.
Por gjatë shekujve të errët të pushtimit osman u harruan format e ngjyra e saktë e flamurit të vjetër. Kështu shpjegohet që patriotët shqiptarë të Rilindjes së herët e përfytyronin flamurin e Skënderbeut diçka ndryshe nga ç’kishte qenë në të vërtetë. Kështu, për shembull patrioti Spiro Risto Dine na thotë se në vitet ’60-të, të shekullit XIX, ai e dinte flamurin e Skënderbeut me një shqiponjë të bardhë. Kurse patriotët e shoqërisë së Stambollit në vulën e shoqërisë së tyre (të themeluar më 1879) e paraqisin shqiponjën me një kokë të ulur mbi një shkëmb.
Vetëm nga fundi i shek. XIX, duke lexuar me kujdes Barletin, u zbulua përsëri flamuri i Skënderbeut në formën e tij origjinale dhe që atëherë ai u përhap menjëherë në të katër anët e Shqipërisë dhe jashtë.
